Bayonetta ist die letzte Überlebende eines Hexenclans aus alter Zeit, welcher einst das Gleichgewicht zwischen Licht, Dunkelheit und Chaos garantierte. 500 Jahre lang lag Bayonetta zu ihrem eigenen Schutz und dem der ganzen Welt, wie wir sie kennen begraben. Ihre Befreiung und Wiederbelebung lösen eine Ereigniskette aus, deren Auswirkungen möglicherweise katastrophal sind.