Die Soldaten der Zukunft kehren in die Schlacht zurück, um einer noch größeren Bedrohung entlang der mexikanisch-amerikanischen Grenze zu begegnen. Die Ghosts sind stärker den je, dank dem verbesserten Integrated Warfighter System (IWS), haben aber nur 72 Stunden Zeit, um die Bedrohung zu stoppen und die Rebellen davon abzuhalten, US-amerikanischen Boden zu betreten.