Zeitlich einige Monate nach Ende von The Legend of Zelda The Wind Waker angesiedelt, beginnt Phantom Hourglass auf hoher See und konfrontiert uns gleich mit alten Bekannten. Link, Tetra und ihre Seeräuberbande treiben mitten auf dem Ozean in eine Nebelbank hinein, in der sie ein mysteriöses Geisterschiff finden. Bei einer Erkundungstour durch das Schiff gerät Tetra in Gefahr, und beim Versuch, ihr zu Hilfe zu kommen, geht Link über Bord. Erst am Strand einer unbekannten Insel kommt er - durch die Stimme einer Fee geweckt - einsam und allein wieder zu sich. Ihm bleibt nichts anderes übrig, als sich auf eigene Faust auf die Suche nach Tetra zu machen. Doch die Zeit ist knapp. Ein magisches Stundenglas spielt eine wichtige Rolle dabei, ihm die nötige Zeit zu verschaffen, die er für seine Suche braucht. In den finsteren Labyrinthen und hindernisreichen Arealen, durch die der Spieler Link führt, gilt es natürlich auch diesmal wieder zahllose knifflige Rätsel zu lösen. Damit Neulinge in der Welt von Zelda dabei den Überblick behalten, ist dem Spiel eine kurze Einführung vorangestellt, die wichtige Erklärungen liefert. Viel mehr ist eigentlich auch gar nicht nötig, denn die intuitive Steuerung mittels Touchpen und Touchscreen macht die Handhabung leichter denn je: Ein kräftiger Schwung mit dem Touchpen lässt Link sein Schwert schwingen, eine Kreisbewegung ermöglicht eine wuchtige Wirbel-Attacke. Und natürlich kann man den Touchpen auch ganz friedlich einsetzen: Durch Antippen verschiedener Charaktere sprechen sie mit Link.