Zehn Jahre nach seinem heldenhaften Sieg über die Truppen des Imperiums im Originalspiel fällt Spencer die Regierung in den Rücken, der er Treue geschworen hatte. Man verurteilt ihn für Verbrechen, die er nicht begangen hat, zur Todesstrafe. Am Tag der Urteilsvollstreckung detonieren Terroristen in Ascension City eine experimentelle Waffe, die ein Erdbeben auslöst, die gesamte Stadt in Schutt und Asche legt und das Leben aller Einwohner fordert.