Die US-amerikanische Stadt Auburn wird von einer riesign Explosion erschüttert, hinter der das paranormal veranlagte Mädchen Alma steckt. Mittendrin: der Spieler in Gestalt des Soldaten Becket, Mitglied der Spezialeinheit F.E.A.R. Becket bekommt dank hinterlassener Notizen, Funksprüche seiner Teamkameraden oder furchteinflößender Visionen immer mehr Einblicke in die wahrend Hintergründe der Vorkommnisse. Diese Visionen, gepaart mit den eingestreuten Schockmomenten, zeichnen "Project Origin" wie schon den Vorgänger aus. Wenn aus einer dunklen Ecke nackenhaarsträubende Schreie ertönen, stört auch die nicht mehr ganz taufrische Grafik nicht. Ein weiteres Highlight ist die ausgezeichnete KI der Gegner. Die suchen etwa hinter umgeworfenen Tischen Deckung, werfen gezielt Granaten oder flankieren geschickt den Spieler. Um es mit der feindlichen Übermacht aufnehmen zu können, steht Becket neben einem beeindruckenden Arsenal an Waffen auch eine Zeitlupenfunktion zur Verfügung. Per Knopfdruck wird die Zeit - ähnlich wie in "Max Payne" - verlangsamt. So kann sich der Spieler gezielt einen Vorteil verschaffen und sich die Gegner einzeln vorknöpfen.