Ninja Gaiden 3 nimmt Spieler erneut mit auf eine Reise mit ihrem Helden Hayabusa, aber dieses Mal erfahren sie mehr von ihm, als sie je geahnt hätten. Zum ersten Mal können sie die Welt mit Hayabusas Augen sehen und lernen, was ihn dazu bewegt, zu kämpfen und zu töten. Im Zentrum dieses Konfliktes steht ein maskierter Mann, dessen Motivation und Ziele unklar sind. Dank mysteriöser Kräfte verändert er Hayabusa, und die Grenzen zwischen Held und Schurke, Gut und Böse, verschwimmen.