Nach Godzillas Angriff auf Tokyo von 1954 herrschte lange Zeit Frieden in Japan. Jetzt 50 Jahre später wurde er angeblich in New York gesichtet. Die Regierung Japans dementiert dies zwar, hat aber bald ganz andere Sorgen.
Godzilla ist wieder in Japan und es wird schnell klar, dass es sich diesmal um kein Gerücht handelt. Beseelt von den Geistern tausender im zweiten Weltkrieg gefallener Soldaten, scheint es nichts zu geben was ihn aufhalten kann.
Drei heilige Kreaturen, die sich Godzilla gemeinsam stellen, sind die letzte Hoffnung der Menschheit. Wird die Welt noch einmal gerettet werden können?