Dark Messiah spielt man Sareth, den jungen Lehrling des mächtigen Zauberers Phenrig. Der Spieler wurde von Phenrig nur aus einem einzigen Grund herangezogen, nämlich um ihn in die Künste von Magie und Kampf einzuweihen. Zu Beginn des Spiels wird man in die freie Stadt Stonehelm geschickt, Heimat des Magiers Menelag, einem Freund von Phenrig. Das Ziel des Spielers ist es, Menelag dabei zu helfen, den Schädel der Schatten zurück zu holen, dem alten und mächtigen Artefakt und einzigem Überbleibsel von Sar-Elam, dem ersten und grössten Magier von Ashan.