Ghost Squad spielt in einer vom Terrorismus geplagten Welt, in der die UNO gezwungen wurde, eine Einheit für taktische Spezialeinsätze genannt "Ghost Squad" (Global Humanitarian-Operation and Special Tactics Squad) einzuberufen. Das Team aus Elitesoldaten setzt sich aus den Besten der Besten der weltweit stationierten militärischen Streitkräfte und Sondereinsatzkommandos zusammen. Spieler, die sich für das Ghost Squad-Kommando melden, erleben aus erster Hand Missionen, bei denen absolute Unauffälligkeit, eine entschlossene Vorgehensweise gegen terroristische Subjekte und die anschließende Beseitigung aller Spuren im Zielgebiet verlangt werden.