Episode 13 - Hot Zone: Bei der Untersuchung der Verwüstungen, die der große Sturm in Atlantis angerichtet hat, sterben zwei Expeditionsmitglieder plötzlich auf mysteriöse Weise. McKay geht der Sache nach und macht eine entsetzliche Entdeckung: Aus einem verwüsteten geheimen Labor der Antiker ist ein tödliches Virus entwichen. Wer von ihm befallen wird, stirbt nach genau sechs Stunden. Als immer mehr Menschen infiziert werden, verriegelt das automatische Kontrollsystem von Atlantis alle Türen. McKay sitzt im verseuchten Antiker-Labor in der Falle.

Epsiode 14 - Chaya: Das Atlantis-Team überlebt auf einem Expeditionsflug nur knapp eine Attacke der Wraith. Die Rettung kam von einer mächtigen Waffe, die von einem bislang unbekannten Planeten abgefeuert wurde. Um mehr über diesen wirksamen Wraith-Killer zu erfahren, landen Sheppard und McKay auf dem Planeten. Dort lebt ein primitiver Indianer-Stamm, beherrscht von der Priesterin Chaya. Chaya weiß angeblich nichts von der Waffe, doch McKay ist misstrauisch. Major Sheppard hingegen ist von der schönen Priesterin mehr als fasziniert. Er lädt sie ein nach Atlantis, um ihr Geheimnis zu lüften.

Episode 15 - 10.000 Jahre: Sheppard und McKay finden in einer Kälteschlafkammer eine alte Frau. Dr. Weir übernimmt ihre Wiederbelebung - um zu erfahren, dass es sich bei der Schlafenden um sie selbst, Dr. Weir, handelt! Die alte Dr. Weir erzählt, dass sie von den Antikern 10.000 Jahre zurück in die Vergangenheit geschickt wurde, um den Untergang von Atlantis zu verhindern. Und dann enthüllt sie dem Atlantis-Team die Wahrheit seiner eigenen Vergangenheit.

Episode 16 - Bruderschaft: Das Atlantis-Team sucht auf dem Planeten Dragan nach einem verschollenen ZPM. Eine alte Bruderschaft hatte den Energiespeicher der Antiker versteckt, bevor sie von den Wraith vernichtet wurden. Nur mit Hilfe eines steinernen Stargates können Sheppard und McKay das ZPM finden. Sie haben fast alle Elemente des Stargates zusammen, als die Genii auftauchen, die ebenfalls großes Interesse an dem alten ZPM haben. Währenddessen befindet sich Atlantis in Alarmbereitschaft - die Wraith befinden sich im Anflug...