Madagascar 3: Flucht durch Europa lässt den Zirkus mit allen beliebten Madagascar-Charakteren lebendig werden, darunter Alex der Löwe, Marty das Zebra, Gloria das Nilpferd und Melman die Giraffe. Im Einzelspieler-Modus oder Coop-Modus für zwei Spieler reisen die Spieler quer durch Europa, um für den Zirkus zu werben, indem sie anspruchsvolle und wahnwitzige Missionen abschließen, die sie von den Pinguinen erhalten.