Australien, 1931, in einem Aborigine-Dorf namens Jigalong: Ein heranrasendes Auto zieht eine gewaltige Staubwolke hinter sich her. Plötzlich stürmen Männer aus dem Wagen. Wenige Augenblicke später verflüchtigt sich der Staub - und drei Kinder sind verschwunden. Gewaltsam haben die Männer die 14-jährige Molly, ihre achtjährige Schwester Daisy sowie deren zehnjährige Cousine Gracie aus ihren Familien gerissen. Ganz legal, im Namen der Regierung, denn die australische Rassenpolitik duldet keine Mischlingskinder.

Oberster Sittenwächter ist der Eingeborenen-Beauftragte A. O. Neville. Tausende von Kindern lässt er mit Polizeigewalt aus ihrer Heimat verschleppen, um sie in zuchthausartigen Heimen zu einfachen Bediensteten für die weiße Oberschicht umzuerziehen - "für ein neues Leben in einer weißen Gesellschaft", wie Neville betont. Quer durch den Kontinent werden Molly, Daisy und Gracie in das fast 2.500 Kilometer entfernte Erziehungsheim Camp Moore River transportiert.

Zwei Nächte halten es die Mädchen in ihrem Gefängnis aus. Dann wagen sie das Unmögliche: Sie treten die nahezu endlose Flucht nach Hause an. Dabei orientieren sie sich an dem großen Zaun, der den Kontinent zerteilt, um Kaninchen vom Farmland fernzuhalten, dem Rabbit-Proof Fence. Doch den müssen sie erst einmal finden. Monatelang sind Molly, Daisy und Gracie in der lebensfeindlichen Einöde auf sich gestellt - verfolgt vom unbarmherzigen Fährtensucher Moodoo. Die naturverbundene Lebensweise ihres Stammes hilft den Kindern, in der Wüste zu überleben. Doch überzeugt von seinen martialischen Erziehungsmethoden setzt Neville alles daran, die Mädchen wieder einzufangen...