In Deus Ex 2 entwickelt der Spieler ein facettenreiches Alter-Ego durch die Auswahl futuristischer Nanotechnologien, schlagkräftiger Waffen und hunderten von benutzbaren Objekten. Ähnlich wie im revolutionären Vorgänger Deus Ex, werden die vielfältigen Kombinationsmöglichkeiten unglaubliche spielerische Freiheiten erlauben. Die Spieler sind aufgefordert, die linearen Pfade der Designer zu verlassen und einen individuellen Stil bei der Lösung von Problemen zu finden. Deus Ex 2 beginnt ungefähr 20 Jahre nach den Ereignissen des Vorgängertitels. Langsam erholt sich die Welt von den Folgen des wütenden Fortschrittsglaubens, der Weltwirtschaftskatastrophe und des im Untergrund brodelnden Krieges der Geheimdienste. Verschiedene religiöse und politische Gruppierungen nutzen das Chaos, um ein politisches Bündnis zu formieren. Ziel des Spielers ist es, die Geheimnisse und die mächtigen Köpfe dieser Gruppen zu enttarnen und ihre wahren Interessen offen zu legen.