Sly Cooper: Jagd durch die Zeit ist ein turbulentes Abenteuer rund um den Waschbären Sly Cooper, der einer Dynastie von Meisterdieben entstammt. Die Seiten des uralten Buch des Meisterdiebs verschwinden und nur Sly und seine Gang können das Vermächtnis des Cooper-Clans retten. Dabei wird der Spieler mehr über Slys Vorfahren erfahren, denn er wird durch die Zeit reisen und selbst Slys Vorfahren spielen können, indem er deren Kostüme anzieht. Die Reise führt ihn in unterschiedlichste Länder und Umgebungen, etwa das mittelalterliche England oder das feudale Japan. In Japan lernt der Spieler Rioichi Cooper, den Meister der Ninja-Turmlandung, kennen! Er erfährt nicht nur, dass er der Erfinder des Sushi ist, Rioichi kann auch in Ninja Manier die Technik „Springender Drache“ ausführen und große Distanzen zwischen Türmen zurücklegen. Das eröffnet einen komplett neuen Gameplay-Bereich in einer riesigen Umgebung. Jedes Familienmitglied, auf das man trifft, hat solch einzigartige Fähigkeiten.