DEUS EX: The Fall spielt im Jahr 2027 - eine goldene Zeit für Wissenschaft, Technologie und menschliche Augmentierungen aber auch die Zeit einer großen sozialen Kluft und globaler Verschwörung. Mächtige Firmen haben Kontrolle über Regierungen erlangt und gebieten über die Versorgung der für augmentierte Menschen lebensnotwendigen Medikamente. Inmitten dieses Chaos sucht Ben Saxon, ein ehemaliger britischer SAS Söldner, der physische Augmentierungen hat vornehmen lassen, verzweifelt nach der Wahrheit hinter der Medikamentenverschwörung. Von seinem Arbeitgeber, dem Privatmilitär Tyrants, hintergangen, ist nicht nur sein eigenes Leben in Gefahr, sondern das aller augmentierten Menschen. Und die Zeit wird knapp.