Die Geschichte folgt den abschließenden Geschehnissen aus Killzone für PS2, mit dem Kampf gegen die noch immer wütenden Helghast. Im südlichen Vekta wurden die "normalen" Kriegsregeln von den Helghast beiseite geräumt und von General Metrac mit brutalsten Massnahmen ersetzt. Es ist nun die Aufgabe des Spielers, eine geheime Operation zu unterbinden und die von Metrac gefangenen Geiseln, zu befreien.