Die dritte Staffel setzt die atemberaubende Action und die spannungsgeladenen Abenteuer des Elite-Agententeams, das außerhalb der militärischen Kommandostruktur operiert, fort. Unter der Führung von Special Agent Leroy Jethro Gibbs, einem hoch qualifizierten, jedoch sehr eigenwilligen Ermittler, muss sich das Team nach dem verheerenden Verlust eines Teammit­gliedes wieder fangen und zusammenraufen. Die Dinge werden für Gibbs noch komplizierter, denn Jennifer Shepard, eine ehemalige Geliebte, ist die neue Direktorin des NCIS. Neu im Team der Navy CIS ist Officer Ziva David, eine ehemalige Mossad-Agentin. David ist eine rasante Auto­fahrerin, spricht fünf Sprachen und weiß sich mit ihren Kampfkünsten sehr gut in bedrohlichen Situationen zu behaupten.