Der begabte, aber leider völlig bankrotte Puppenspieler Craig Schwartz (John Cusack) lebt mit seiner Ehefrau Lotte (Cameron Diaz) in einer Kellerwohnung in New York - zusammen mit einem Schimpansen, einem Papagei, einem Hund und einem weiteren halben Zoo. Um ein wenig Geld in die Haushaltskasse zu bekommen, begräbt Craig seine künstlerischen Ambitionen und bewirbt sich um einen Job als Aktensortierer.

Die Merkwürdigkeiten beginnen, als sich herausstellt, dass sich der potentielle Arbeitgeber zwar in einem schicken Hochhaus befindet, aber die 7 ½ Etage als Adresse angibt - wohin man nur mit Hilfe des Notstopps im Fahrstuhl und einer Brechstange zum Öffnen der Tür gelangt. Zunächst ist Craig noch etwas skeptisch, vor allem was seinen leicht skurrilen Chef und die gewöhnungsbedürftige gebückte Arbeitshaltung betrifft. Das ändert sich jedoch schlagartig, als er seine sexy Kollegin Maxine (Catherine Keener) entdeckt, bei der er erst mal auf Granit beißt. Doch dann verändert eine Unachtsamkeit Craigs Leben komplett: Als ihm eine Aktenmappe hinter den Schrank fällt, entdeckt er dort eine geheimnisvolle Tür, die in einen Tunnel führt. Wer einmal in diesen Tunnel krabbelt, erlebt einen kurzen, aber aufregenden Trip in den Kopf von John Malkovich. Aus dem Blickwinkel des Schauspieler erlebt man 15 Minuten all das, was Malkovich widerfährt - und findet sich danach im Straßengraben am Rande des Highways außerhalb von New York wieder. Maxine zeigt plötzlich ungewohntes Interesse, Craigs Frau Lotte sind ihre geliebten Tiere auf einmal völlig egal und mit der schnell gegründeten "J.M. Inc.", die für läppische 200 Dollar Kurztrips jenseits aller Erfahrungshorizonte in John Malkovich anbietet, scheinen Craigs Sorgen sich auf einen Schlag erledigt zu haben. Bis eines Tages John Malkovich persönlich auftaucht und auch einmal einen Kurztrip machen möchte....