Mäuserich Roddy St. James gehört den oberen Zehntausend an und führt ein Luxusleben im elitären Londoner Stadtteil Kensington. Das angenehme Dasein findet ein jähes Ende, als Rowdy Sid, den das Spülbecken ausspuckte, das Kommando übernimmt und Roddy schließlich sogar die Toilette runterspült.

Roddy landet in der belebten Unterwelt des Abwassersystems, einer Miniaturausgabe von London. Dort trifft er auf die unternehmungslustige Piratin Rita, die mit ihrem Boot "Jammy Dodger" als Schrottsammlerin die Kanalisation durchkreuzt. Zusammen trotzen die beiden Gefahren, die jeder Maus die Nackenhaare hochstellen würden, darunter Furcht einflößende Stromschnellen, trügerische Strudel und vor allem Gangsterboss Toad, eine gerissen-bösartige Kröte, die den beiden den Killer-Cousin Le Frog mit seinen Frosch-Ninjas auf den Pelz hetzt.

Der privilegierte Roddy, erst denkbar fehl am Platze, mausert sich zum Helden, als er erfährt, dass der Mäusemetropoleunter den Straßen Londons Gefahr droht.