Shego und ihre teuflische Bande entführen den mächtigen Zeitaffen und beginnen, die Zeit zu manipulieren. Da erscheint ein Besucher aus der Zukunft: Rufus 3000, ein starker und sprechender Nachfahre des beliebten Nackmulls Rufus. Er alarmiert Kim und ihre Freunde, um gemeinsam mit ihnen den Zeitgaunern das Handwerk zu legen. Doch dazu müssen Kim, Ron Stoppable und Rufus die Bösewichter in der Gegenwart und in der Vergangenheit besiegen, denn sonst wird die Zukunft nur noch Geschichte sein...